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索金在了解真菌之前先了解了海綿。

　　在地球上的海洋里，至少有9000種海綿。有的海綿甚至生活在淡水中。它們靠身上的小孔，從成噸的海水中過濾到幾克微薄的營養物質維持生命。海綿是多細胞（multicellular）生物，雖然有些海綿有玻璃一樣的骨骼。但是總體上看，海綿沒有組織、肌肉、器官、神經、大腦這些要件。

　　海綿細胞的主要成分是碳酸鈣或碳酸硅以及大量的膠原質。在海綿的管壁上，長有擺動的長須（cilia），長須能從海水中濾掉廢物，留下營養。不論海綿的體積多大，所需要的食物只要能滿足每一個細胞就夠了，并不貪婪。當然，海綿中也有"兇猛"者。在夏威夷生長的火海綿能夠分泌毒液，給其它動物造成劇痛；生長在地中海的一種海綿，則具備誘騙小甲殼類動物的能力，能夠伸出鋒利的刺把它們團團圍住，飽餐一頓。

　　海綿也是最早的有性繁殖生物，大多數的海綿都是雌雄同體的，能夠同時產生卵子和精子并排入水中。精子會一直在海水中遨游，直到找到另一個海綿管道的接收入口。

　　海綿的多情還表現在：它還有另外一種生殖方式---如果一塊海綿遭受外力破壞，被拆散了的細胞會在海水中尋找同伴，然后重新聚在一起，仿制出一塊與它們父母輩相同的海綿。海綿受傷以后，不會用新細胞代替舊細胞的方式愈合傷口，而是調動舊的細胞到創傷處，阻止傷口進一步蔓延。

　　就這樣，海綿很瀟灑地生活在水下，并為周圍成千上萬種生物提供庇護所。此外，海綿其實很好動。1986年美國北卡羅來納州大學的生物學家卡爾汗·邦德（CalhounBond）就發現，海綿并不是靜止不動的，他通過精密儀器觀察到，海綿的邊緣會像肢體一樣幫助自己移動，有的一天能移動4毫米，有的居然能爬上玻璃容器壁。

　　從一百五十萬分之一概率中找答案---遺傳因子分析像大海撈針

　　以往，科學家判斷動物之間的聯系主要依賴于觀察動物外觀，包括化石來判斷。如果兩種生物擁有共同的特征，比如爪子，就會被認為具有某種親屬關系。隨著基因技術的突飛猛進，利用基因分析尋找生物源頭開始了實際應用。上世紀70年代，索金的導師卡爾·烏伊斯（CarlWoese）就開始了這方面的研究。1989年索金成立了實驗室，接過導師的課題繼續研究。索金把研究方向集中在基因的進化以及寄生蟲方面，他希望通過這些研究，回答導師提出的問題：生命最重要的單位，細胞是如何形成的。

　　基因分析并不是比較某些生物的全部基因構成，而是通過比較某些生物共有的基因段，分析其中的差異來判斷兩者之間的關系，如果兩者有相似的基因排列，并且帶有同樣的基因特征，那么就可以推論兩種生物具有同一個祖先。如果基因排序非常不同，那就可以知道它們在很早以前就分叉，朝著不同的方向進化了。

　　索金希望在這種理論指導下，采用核糖體RNA手段，建立一個客觀的動物進化結構方程式，他從極為罕見的古菌（archaea）的基因排序入手，從浮游生物、真菌、海綿、水母、海葵、軟體動物中提取DNA，比較它們的基因排列順序，比較核糖體RNA，并且應用十進位計數法，來計算它們與昆蟲、魚類、鳥類、哺乳動物之間的關系。

　　20多年前，基因技術還剛剛起步，這樣的計劃在當時是非常有遠見的。在上世紀80年代初，科學家確定紅海綿的一個遺傳因子就要消耗一年的時間，所有的工作都是手工操作。幾年之后，他們能在一年內分析10～15個因子。今天，索金已經能在一夜之間做1000個因子分析了。但即便是今天，一段特定的染色體組也可能包含著30億對基礎對，要找出2000對的關系，概率為一百五十萬分之一，因此，要找到答案仍然像是大海撈針。